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rocks cluster에 설치한 것들... 가끔 노드를 다시 설치할 일이 있을테니, 뭘 설치했는지 적어놔야겠다. 1. ncbi blast+ 2.2.282. .... 더 없는 것 같다. 딱 그거 설치해놓고 쓰는구나. ㅋㅋㅋㅋㅋ 슬슬 compute-0-0를 재설치 해줘야 할 듯.아무래도 db 찌꺼지 파일들이 차고 있는 것 같은데...
mpiblast & 현재 서버 문제점 진단 구축해서 28일부터 돌리고 있으니까... 이제 일주일 쯤 되어가는 것 같다.현재 mpiblast는 속도가 다소 느려서, blast+를 스크립트 + sge를 이용해서 개별적으로 작업하는 방향으로 하고 있다.DB는 master에서 공유하고.속도는 16 core xeon 서버보다야 좀 느리지만, 그래도 쓸만한 속도가 나오고 있다. (정말?)왜 mpiblast를 돌리면 속도가 느려질까...하고 로그들을 주욱 살펴보니, 네트워크 속도 쪽이 눈에 들어온다. cpu는 놀고 있고... 얼라려... 네트워크가 풀이네? 기가빗 카드 한장으로 커버할 수 있을거라 생각한 내가 바보였다. -_-;;대역폭인 기가빗 = 125M는 이미 다 써버린 상태. 그러니까 연산이 느리지... DB와 소스 데이터에 연산 + 싱크 + 아웃풋까지..
vnc server setting 1. 패키지 설치SHELL> sudo apt-get install x11vnc 2. 비밀번호 설정SHELL> x11vnc -storepasswd설정하고 나면.. ~/.vnc/passwd 위치에 저장이 된다. 3. vnc 서버 시작x11vnc -forever -shared -rfbauth ~/.vnc/passwd 이러면.. 접속 가능하다...하지만... 내 컴퓨터는 서버로도 돌기 때문에.. 언제 어디서나 접속이 가능 하게...자동 시작하도록 설정하는 방법. 1. 위에서 설정한 비밀번호 정보가 있는 파일을.. /etc/ 디렉토리로 복사한다.SHELL> sudo cp ~/.vnc/passwd /etc/x11vnc.pass 2. 자동 실행 되도록 스크립트 생성SHELL> sudo vi /etc/init/x11v..
아까 링크대로 해본 결과... http://arima.tistory.com/116에 나온대로 해봤는데... 글쎄다... 그닥 빠르다는 느낌을 못 받음. 물론 환경이 달라서 그런 것일수도 있겠지만...8 core로 해보고 결과를 보면 되겠지. - 해보니까, 8 core 하나로 하는 것보다 4 core 2개로 작업을 구성하는 것이 나은 것 같다.다만... 램이 충분해야겠다. 32기가는 되어야 될 듯...;; 그리고오... blast+보다 legacy blast (blastall)이 더 빠른 것 같다.결과값만 비슷하다면 blastall로 전부 변경하는게 어떨까... 싶다.어차피 nicem에서 쓰는 것도 legacy blast로 보이니까 말이지. ncbi에서는 blast+가 더 빠르다는데, 왜 이런 결과값이 나오는 것일까? - 램이 모자란건..
blast+ 관련 재밌는 글 발견 http://voorloopnul.com/blog/how-to-correctly-speed-up-blast-using-num_threads/ 를 보니... blast는 알고리즘의 문제인지는 모르겠는데, 4 core가 8 core보다 더 효율적이라는 이야기. 일단 적용해서 작업을 실시... 한번 결과를 봐야겠다.
왜 서버를 만들게 됐는가... 연구실에 32-core wokrstation과 16-core server가 있다.32-core는 내가 교수님께 말씀드려서 만든 것. ubuntu 14.04를 세팅했는데, 나름 쓸만하다.Blast2go go db도 넣어놨고, blast 및 g-browse를 설치. (솔직히 g-browse는 새 서버가 들어온 이후.. 멈췄음)16-core는 Dell꺼를 연구실에서 구입했는데, centos 6.5로 외부에서 세팅되어 들어온 것.거기에 내가 몇 가지 추가를 했다. (blast 돌릴 목적으로...)그런데 이 둘을 묶기에는 위험부담이 크고... 그렇다보니 결국 내 돈으로 quad-core pc를 2대 더 구입해서기존의 pc와 묶어서 클러스터링 서버를 구축했다. 왜 구축했냐... 그야 blast 돌리려고. 그리고 m..
5.31 라이딩 이야기 전날 네 시간 밖에 못잔 탓에... 몸이 축났음.라이딩 내내 졸렸고, 핫씩스 2개를 먹어도 졸려서 졸면서 라이딩...게다가 날씨는 겁나게 더워서, 최고 기온 42도를 찍음. 원래 38도까지 올라간댔는데... 온도센서가 맛갔던가, 진짜 더웠던가... 중의 하나겠지.여튼... 하뱃재까진 그럭저럭 괜찮았음. 상뱃재까지도 괜찮았음. 구룡령을 앞두고 갑자기 오른쪽 무릎이 맛이 감.피로한 상태에서 무리하게 타서 그런건지, 피팅이 틀어져서 그런건지는 모르겠다만... 제대로 타격이 옴.그 상태로 꾸역꾸역 구룡령을 올라감. 정상에 다다르니 무릎이 아웃.그래서 미산계곡 타고 상남으로 와서 홍천으로 갔다. 내 나름 노력 많이 한거다... 젠장.이짓거리를 내가 왜 하고 있나를 계속 되뇌었고, 내 몸뚱아리는 날 욕했다. 하지만..
새 오디오 시스템 시작 휴대기기는 이쯤하면 되어서 오디오를 손대기 시작.그간 낙차로 아파서 움직이지 못한 탓에 음악을 많이 듣게 되는 것 같다.일단은 앰프는 AI500iu로 낙점. 솔직히 더 작은 것을 쓰고 싶었으나... 중고가 저렴하게 나와서 Get (구입 후 1주일 뒤에 더 싼게 나온건 함정...)스피커는 레가 RS1으로. DAC는 AI500iu 내장을 쓰고 있는데, 다소 아쉬운 느낌이다. DAC나 DDC 추가가 필요한 상황.그런데 네트워크 플레이어를 구성해볼까...하는 생각도 하는터라 좀 고민하고 있다. 그리고 세팅을 하다보니... 예전에 쓰던 시스템과 성향이 비슷해졌다. -_-;;물론 예전보다 좀더 저역이 있는 시스템이긴 하지만, 오히려 부밍을 걱정해야 하는 상황인지라...

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