구축해서 28일부터 돌리고 있으니까... 이제 일주일 쯤 되어가는 것 같다.
현재 mpiblast는 속도가 다소 느려서, blast+를 스크립트 + sge를 이용해서 개별적으로 작업하는 방향으로 하고 있다.
DB는 master에서 공유하고.
속도는 16 core xeon 서버보다야 좀 느리지만, 그래도 쓸만한 속도가 나오고 있다. (정말?)
왜 mpiblast를 돌리면 속도가 느려질까...하고 로그들을 주욱 살펴보니, 네트워크 속도 쪽이 눈에 들어온다.
cpu는 놀고 있고...
얼라려... 네트워크가 풀이네?
기가빗 카드 한장으로 커버할 수 있을거라 생각한 내가 바보였다. -_-;;
대역폭인 기가빗 = 125M는 이미 다 써버린 상태. 그러니까 연산이 느리지... DB와 소스 데이터에 연산 + 싱크 + 아웃풋까지
죄다 하나로 했으니 꽉 차는 것도 이상하지 않음. 30일부터는 mpiblast가 아닌 blast+로 병렬컴퓨팅이 아닌 각개격파를 지시...
현재 마스터에는 그래픽카드 때문에 랜카드를 하나 밖에 못다는 관계로, 그걸 빼버리고 랜카드를 추가해서 본딩해야겠다.
250M면 좀 나아지겠지. 설마 그것도 모자란다고 할까;;;
여튼 현재 상태에서도 나쁘진 않으니까 한번 궁리해보자.
And... 램이 모자람. 마스터는 32기가로.. 노드들은 16기가까진 올려야 할듯;;