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I-Tasser cluster app 세팅 -1 protein structure prediction 프로그램들을 몇가지 알아보았는데... 제일 나은게 이것 같다.그런데 이게 계산하는 것이 워낙에 많다보니, single thread로는 너무 느리다.거기에다가 이 프로그램은 multi-thread를 지원하지 않는다. 그러므로.... 답은 HPC-cluster를 통한고속화 밖에 답이 없음. 그런데 이 I-Tasser의 parallel mode script가 PBS 기준임 -_-;;SGE를 쓰는 나로서는 손을 보는 수 밖에 없는데... 이건 다시 정리해서 올리도록하고, 일단은 돌아가는지 아침에 확인해야겠음.결국 오늘도 다섯시에 자는구나.... OTL
근황 연구실 일이 몰려서 와서 정신이 없음. 3 node hpc cluster 만들어서 돌리는 중. 3 node 치곤 빠릿빠릿하다. wordsize 6의 힘은 대단하다. G-browse, transdecoder, I-tasser 세팅해서 쓰는 중. TSA 등록은 빡셈. 매뉴얼이 참... 별로라서 삽질을 하게 만듬. 유전자 분석 해놓은게 시원찮아서 첨부터 다시 해야하는 생물종이 여럿. 쓸데없는 삽질은 피해야겠음. 담주말까지 GPCR Gene search를 끝내놔야함. 하아아아아....
오늘의 삽질 1. 홈시어터용 작은 케이스를 연산용으로 쓰다니.. 난 바보.2. 결국 큰거로 바꾸고, 쿨링팬도 좋은 것으로 교체. 시스템이 시원해졌음. -_-;;3. 시원해져서 그런가.. 생각보다 연산이 더 빨라짐. 좋네~4. 이런 삽질은 한번이면 족하다.. -_-;;5. blast+ 2.2.30 ver은 많은 양의 시퀀스를 blast 할 때 core dump가 잘 발생.이건 29도 마찬가지. 걍 28로 돌아감. 이게 안정적이다. ncbi는 뭘 한거지??6. 하루를 날렸구나... -_-;;; 3d docking suite trial 신청한건 왜 연락이 안오나...
주말간 삽질 1. 싼건 비지떡...Kraft 컴터 케이스 작은걸 샀는데... 볼트 부러지고, 어떤 볼트는 안맞고 난리도 아님.본드로 붙이고, 다른 볼트로 대충 고정했는데... 다시는 안살 예정. 브라보텍이 너무 비싸서 이걸 샀드만... 에러. 2. channel bonding...HPC cluster의 병목현상이 네트워크와 메모리인 것 같아서, 둘다 업그레이드 했다.메모리는 master node는 32기가, compute node는 16기가 씩으로. 네트워크는 1기가 3개를 본딩.이게.... 아주 쒯같았음.... 자동화 툴들이 다 그렇겠지만, 예상 외의 상황이 벌어졌을 때어떤 일이 벌어질지 모른다. rocks cluster도 마찬가지.compute node와 묶일 nic가 어떤 것인지 모른다면... 다 빼고, 최소한..
blast+ 새 버전 나옴 드디어 2.2.30이 나옴.blastp fast 뭐시기가 있다는데... 얼마나 빨라질지 기대가 된다. 뭐... 안빨라지면 어쩔 수 없공 -ㅅ-;; -- 해보니 빨라짐. 그런데..... -_- 네트웤이 발목을 잡는다. 내일은 bonding 해야겠다. 도~저히 안되겠다 -_-;;; 그리고 결과 비교해봐야겠음... ----- 결과도 똑같음. 이 설정대로 써도 되겠다.
유용하게 가지고 놀 것 발견... https://www.biostars.org/p/63816/ 이번 blast 작업 끝나면 이걸 해봐야겠다. 재밌겠네.... - 그리고 mtu를 9000으로 바꿔봤으나 별 소용없다. bonding을 하는 수 밖에....; 그런데 master node의 보드가 b85라랜카드 달기가 안좋구먼 -_-;;
Test 해봐야할 것들 1. usearch - 32bit 버전으로 쓸만한지 테스트를 하려면, nr db를 어떻게든 쪼개서 인식시켜야 함... 이게 가능한지 알아볼 것2. 3d docking apps - 몇 가지 리스트를 뽑아서 이달 안으로 테스트 마칠 것3. cluster server 네트워크 개선하여 mpiblast 적용 - 해보고 이것도 별로다 싶으면 현재 방식을 유지 보수...4. blast2go 대체 프로그램 찾을 것. 이것이 여의치 않으면 go mapping과 interpro scan을 따로해서 병합하는 방향으로 생각해보자... 아... 이 시키들은 왜 업데이트를 이렇게 해놔서 사람을 고생시키나... -_-;;
헐... blast2go.... 돈이 쪼달리나... 업데이트한 프로그램을 실행해봤는데... 완전 개판 -_-;;여러 기능들을 더 제한시켜놨다. 왜 이런거야? 기존의 서비스는 올해까지만 한다고...뭘로 갈아탈지 고민을 해봐야겠다. 젠;;;

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