1. 싼건 비지떡...
Kraft 컴터 케이스 작은걸 샀는데... 볼트 부러지고, 어떤 볼트는 안맞고 난리도 아님.
본드로 붙이고, 다른 볼트로 대충 고정했는데... 다시는 안살 예정. 브라보텍이 너무 비싸서 이걸 샀드만... 에러.
2. channel bonding...
HPC cluster의 병목현상이 네트워크와 메모리인 것 같아서, 둘다 업그레이드 했다.
메모리는 master node는 32기가, compute node는 16기가 씩으로. 네트워크는 1기가 3개를 본딩.
이게.... 아주 쒯같았음.... 자동화 툴들이 다 그렇겠지만, 예상 외의 상황이 벌어졌을 때
어떤 일이 벌어질지 모른다. rocks cluster도 마찬가지.
compute node와 묶일 nic가 어떤 것인지 모른다면... 다 빼고, 최소한으로 두고 설치하는게 나음... -_-;;
그리고... 본딩을 할 때에는 본딩 옵션을 반드시 둘 것. 안한다면... ganglia에 아무런 로그가 안뜨는 것을 볼 수 있을 것이다...
검색하다보니 일부 블로그에서 compute node의 iptables와 static-routes 설정파일을 고치라고 하는데,
이건 안하는게 맞다. 이 설정 파일의 eth0은 master node의 eth0을 지칭하는 것이 아니다. compute node의 eth0를 지칭하는 것이지...
그리고 요즘 rocks cluster는 하라는대로만 해주면 알아서 iptables와 static-routes 설정을 고쳐준다. 굳이 할 필요없음.
심지어는 bond0 설정 파일을 만들 필요도 없음. 알아서 해줌... 알아서 해준다는게 장점만 있는건 아니라는건 말하지 않아도 알겠지만...
3. cpu 쿨러
기존의 쿨러가 너무 시끄러워서 4만원짜리를 달아줬다. 쿨링 성능도 더 좋고 조용하다해서...
그러나 판매자가 그걸 몰랐다. full throttle에서 이 쿨러가 어느 정도의 성능을 보일 것인가...라는 것.
결과적으로는 온도가 너무 올라서 클럭 제한이 걸리는 일이 발생. -_-;;;
넵... 원래대로 인텔로 돌아갔습니다. 이젠 문제 없음.... -_-;;;;
해결책은... 케이스를 미들타워급으로 쓰고, 7~8만원짜리 쿨러를 쓰면 조용하기도 하고 덜 뜨거워진다....
나 삽질한거 맞네. -_-;; 연구실 돈으로 샀으니까 그나마 다행...(?!) 나중에 다른 용도로 써야지.
4. mpiblast
망할 mpiblast는 db를 왜 로컬 공간이 0%가 될때까지 cp를 계속하는 것일까. -_-;;
db size는 12G인데 cp로 60G를 먹어버림. 이건 왜 그런지 계속 찾아봐야 할 듯.
근데 솔직히... 이거 너무 구형이다. sge와 스크립트로 최신 blast+에 계속 작업을 거는 방식이 차라리 나은 듯.
거기에 몇몇 논문을 참고해보니 protein 기반 db에 한해서 word_size와 threshold를 적절히 조절하면 시간이
30~40% 단축된다고 하던데... 효과가 있다. 이게 더 효율적이지 않나 싶다.
5. 리눅스 머신들의 터미널로 쓰면서 동시에... 내 메인 작업 컴은 오래된 xps 15인치인데...
이게 느려터졌다. 액정은 15인치인데 해상도는 무지 높음. -_-;;
이번에 연구실 컴터 터진거 고치면... 그걸 내 새 터미널로 써야겠다. 근데 그러면 내 자리에 컴터가 몇 대 인거지.....??
우웽... -_-;;