仕事 (31) 썸네일형 리스트형 interproscan update 1 interproscan이 버전업됐음.자주(?) 업데이트되는 편이라 그간 안하고 있었는데,이번 5.10(이하생략) 버전이 나왔길래 업데이트했다.cluster mode에서 작업 분배 및 java memory 관리가 나아진 듯 싶음.문제가 되던 chunk가 에러없이 통과. 각 노드에 걸린 load도 이전보다 효율적이다.속도도 약간 더 향상된 것으로 보인다. GPCR search 어쩌다보니... 한꺼번에 세가지 생물종에서 작업을 하게 되었다.전체 네가지인가... 다섯가지인가 그랬는데, 생각보단 어렵지 않았다.처음에 컨셉잡고, 거기에 맞춰서 툴을 정해서 빌드하고 컴파일하고해서 대충의 파이프라인을 만들었다.그후 각종 DB에서 이것저것 찾아서 끼워넣고 분류하고 검증하고 하다보니 마무리가 되었는데... 아무것도 작업이 안되어있는 새 생물로 하려다보니... 젠장... ㅋㅋㅋ내가 나도 모르는 사이에 사전데이터를 엄청 만들어놓고 작업을 했구나 싶다.이걸 느끼기 전엔 내가 이걸 이렇게 큰 어려움 없이 하고있는게 이상한건데... 싶었다.하지만 새로 하려니까 이게 큰 어려움이 없는게 아니네.그간 내가 해왔던 것들 전부를 모아놓고, 그 위에 올라서서 작업을 해서 쉬웠던거다. 아... 젠장... 소스.. Teamviewer Ver.10 이번에 연구실 워크스테이션 및 서버들에 teamviwer 새 버전을 업데이트해줬다. 새로 깐 것들도 있고. 그 결과... 벌써 두 대가 제때 접속이 안되는 일이 벌어졌다. -_-;;거기에 중간중간 끊어지는 일들도 여러번. 맥버전은 이전보다 좋아지긴 했다.전체화면 모드에서 귀찮은 일이 줄었는데... 그럼 뭐하나. 불안정해졌는데... 이래서야 쓸 수가 없다. 모두 이전 버전으로 다운그레이드 해야겠다.쩝... 건드리지 말걸. ㅠㅠ 근황.... 젠장... 도대체 같은 일을 몇 번을 반복해서 하는건지...일의 기준을 마련해놓고 하라고 해야할거 아닌가...해놓고 아닌 것 같다고 다시 하고... 미쳐버리겠구만...내가 다 알고, 알아서 했어야 하는건가 싶어버리네... GNU Parallel 써보니 상당히 강력하다.blast에 적용해보니 클러스터 서버의 경우 성능이 3배 정도 더 좋아진 것 같다.다만... 연구실 워크스테이션 같은 (상대적으로) 낮은 클럭의 많은 코어를 가진 cpu에는적합하지 않은 것 같다. 높은 클럭의 cpu로 구성되어 있는 클러스터 서버에는 유용함.query size는 알아서 잘 조절해야겠지만 말이다. 그나저나... 클러스터 서버 램을 좀 증설해야할텐데... 이것도 큰 삽이라 망설여진다. suddenly 갑자기 노드 하나 다운. -_-;;이런식으로 다운된건 처음이라 좀 황당...원격으로는 할 수 있는 일이 없다보니, 내일 출근하자마자노드 리붓을 해야겠다. 최악의 경우에는 노드 재설치를 해야함.내가 너무 혹사시켰나...;;; 전기공사 그간 워크스테이션과 서버 등이 전기문제를 간혹 일으킨 적이 있어서, 오늘 전기공사를 실시했다. 이젠 별문제 없겠지... 다행히 모든 pc들이 문제없이 작동한다. 다만... 클러스터 서버를 직접 만들어보고 싶은데... 아마 그러면 두고두고 삽질일 것 같아서 아직은 포기. 솔직히 rocks cluster 패키지들이 좀 옛날 것들이다. 설치하기도 좀 골때리고. 시행착오 예전 데이터를 찾아보니 역시나 ips 데이터가 누락되어 있는 것을 발견. 수정작업을 시작했다. 이미 논문이 나간 것이야 어쩔 수 없다치고 (물론 데이터에 문제가 있거나 한 것은 절대 아니다) 앞으로 나갈 것들은 좀더 세밀하게 데이터를 처리해놔야겠다. 덕분에 protein structure work는 좀더 늦어질 듯 싶다. 주말간에 GPCR 건도 완료해야 월요일에 발표하지... 이전 1 2 3 4 다음