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仕事

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Test 해봐야할 것들 1. usearch - 32bit 버전으로 쓸만한지 테스트를 하려면, nr db를 어떻게든 쪼개서 인식시켜야 함... 이게 가능한지 알아볼 것2. 3d docking apps - 몇 가지 리스트를 뽑아서 이달 안으로 테스트 마칠 것3. cluster server 네트워크 개선하여 mpiblast 적용 - 해보고 이것도 별로다 싶으면 현재 방식을 유지 보수...4. blast2go 대체 프로그램 찾을 것. 이것이 여의치 않으면 go mapping과 interpro scan을 따로해서 병합하는 방향으로 생각해보자... 아... 이 시키들은 왜 업데이트를 이렇게 해놔서 사람을 고생시키나... -_-;;
헐... blast2go.... 돈이 쪼달리나... 업데이트한 프로그램을 실행해봤는데... 완전 개판 -_-;;여러 기능들을 더 제한시켜놨다. 왜 이런거야? 기존의 서비스는 올해까지만 한다고...뭘로 갈아탈지 고민을 해봐야겠다. 젠;;;
rocks cluster에 설치한 것들... 가끔 노드를 다시 설치할 일이 있을테니, 뭘 설치했는지 적어놔야겠다. 1. ncbi blast+ 2.2.282. .... 더 없는 것 같다. 딱 그거 설치해놓고 쓰는구나. ㅋㅋㅋㅋㅋ 슬슬 compute-0-0를 재설치 해줘야 할 듯.아무래도 db 찌꺼지 파일들이 차고 있는 것 같은데...
mpiblast & 현재 서버 문제점 진단 구축해서 28일부터 돌리고 있으니까... 이제 일주일 쯤 되어가는 것 같다.현재 mpiblast는 속도가 다소 느려서, blast+를 스크립트 + sge를 이용해서 개별적으로 작업하는 방향으로 하고 있다.DB는 master에서 공유하고.속도는 16 core xeon 서버보다야 좀 느리지만, 그래도 쓸만한 속도가 나오고 있다. (정말?)왜 mpiblast를 돌리면 속도가 느려질까...하고 로그들을 주욱 살펴보니, 네트워크 속도 쪽이 눈에 들어온다. cpu는 놀고 있고... 얼라려... 네트워크가 풀이네? 기가빗 카드 한장으로 커버할 수 있을거라 생각한 내가 바보였다. -_-;;대역폭인 기가빗 = 125M는 이미 다 써버린 상태. 그러니까 연산이 느리지... DB와 소스 데이터에 연산 + 싱크 + 아웃풋까지..
아까 링크대로 해본 결과... http://arima.tistory.com/116에 나온대로 해봤는데... 글쎄다... 그닥 빠르다는 느낌을 못 받음. 물론 환경이 달라서 그런 것일수도 있겠지만...8 core로 해보고 결과를 보면 되겠지. - 해보니까, 8 core 하나로 하는 것보다 4 core 2개로 작업을 구성하는 것이 나은 것 같다.다만... 램이 충분해야겠다. 32기가는 되어야 될 듯...;; 그리고오... blast+보다 legacy blast (blastall)이 더 빠른 것 같다.결과값만 비슷하다면 blastall로 전부 변경하는게 어떨까... 싶다.어차피 nicem에서 쓰는 것도 legacy blast로 보이니까 말이지. ncbi에서는 blast+가 더 빠르다는데, 왜 이런 결과값이 나오는 것일까? - 램이 모자란건..
blast+ 관련 재밌는 글 발견 http://voorloopnul.com/blog/how-to-correctly-speed-up-blast-using-num_threads/ 를 보니... blast는 알고리즘의 문제인지는 모르겠는데, 4 core가 8 core보다 더 효율적이라는 이야기. 일단 적용해서 작업을 실시... 한번 결과를 봐야겠다.
왜 서버를 만들게 됐는가... 연구실에 32-core wokrstation과 16-core server가 있다.32-core는 내가 교수님께 말씀드려서 만든 것. ubuntu 14.04를 세팅했는데, 나름 쓸만하다.Blast2go go db도 넣어놨고, blast 및 g-browse를 설치. (솔직히 g-browse는 새 서버가 들어온 이후.. 멈췄음)16-core는 Dell꺼를 연구실에서 구입했는데, centos 6.5로 외부에서 세팅되어 들어온 것.거기에 내가 몇 가지 추가를 했다. (blast 돌릴 목적으로...)그런데 이 둘을 묶기에는 위험부담이 크고... 그렇다보니 결국 내 돈으로 quad-core pc를 2대 더 구입해서기존의 pc와 묶어서 클러스터링 서버를 구축했다. 왜 구축했냐... 그야 blast 돌리려고. 그리고 m..

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