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仕事

IPS 이야기 -1

InterproScan은 참 유용한 툴 같다만... 몇 가지 문제가 있다. 

이 문제로 골머리를 앓는 중인데... 나만 그런 줄 알았더니 이런 케이스가 더 있긴하다.

바로 몇몇 시퀀스가 작업 중에 누락되는 케이스다. 처음에는 blast2go에서 제공하는 

온라인 서비스에서 발견했는데... 어랍쇼... 로컬 머신에서도 발견되었다.

무엇이 원인인지는 모르겠다. 경우에 따라 발생빈도도 달라지고. -_-;;

예전에 작업했던 파일들을 살펴보니 모두 있다. 

잘게 쪼개면 쪼갤수록 적어지긴 하지만... 그러면 시간이 너무 걸리게 된다.

예를 들어 14000개의 시퀀스를 14000개의 파일로 나누면 누락이 없어지게 된다.

다만 시간이... 대박 걸림. 내 cluster 서버에서도 하루에 4000개 가량 작업할 수 있는 모양이던데... (정확히 센 것은 아님)

이 정도면 문제가 있는 것이지. -_-;

일단은 돌리고, 누락된 것을 체크해서 다시 돌리는 수 밖에 없을 듯 하다.

여러모로 깔끔하게 한방에 하는건 무리인 듯.

이번에 버전업되면 좀 나아지려나?