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2015/02

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연구실 정전 덕분에 클러스터 서버 노드들이 날아갔다. -_-;그리고 nic bonding도 풀리고... 덕분에 삽질.또.. 1달 넘게 진행하던 프로젝트도 날아감. -_-;;;;이걸 더 진행할 생각이 없어짐. 지나치게 느리고....정말 말이 되는 것인지도 모르겠고.일단 접어야겠음. 더 급하게 해야할 것들이나 해야지...
interproscan update 3 후... 무수한 core dump들이 뜨고, 그 후의 결과물 사이즈가 좀 달라서core dump가 안뜰 때까지 설정값 삽질을 했다.결과적으로 보자면, 원인은 sge node worker의 job 분배와 메모리 할당에문제가 있어서 core dump들이 뜬 것 같다. 이게 이전 버전과 다른 점이 뭐냐하면...초반부터 엄청나게 core dump들이 발생한다. 그리고 어떻게든 결과물이 나오는데.. (이전 버전은 fault 메세지와 함께 다운)32 threads workstation에서의 결과값과 비교해보자면, 에러가 지속적으로 발생하면 그 데이터를 빼버리는게 아닌가하는 생각이 든다. (그러니 결과값이 작아지지..)여튼 그래서 에러가 나지 않을 정도로 job 분배를 하게 만들었다. 이젠 resaonable한 크기..
interproscan update 2 속도도 괜찮아지고 에러도 없고........라고 생각했는데,작업 폴더를 보니 엄청나게 많은 coredump들이 있다. 이게 뭔가...하고 보다가 생각해보니...이번 버전은 error 메세지를 표시를 안하고, coredump만 발생시키고바로 다시 작업을 재시작하는 것 같다라는 생각이 들었다. ... 이게 좋은건가 나쁜건가... 아예 뻗어버리는 이전 버전보단 좋은거긴한데, 나온 결과값을 신뢰할 수 있는지는한번 살펴봐야겠음. -_-;; 후후후........... 이놈들....
interproscan update 1 interproscan이 버전업됐음.자주(?) 업데이트되는 편이라 그간 안하고 있었는데,이번 5.10(이하생략) 버전이 나왔길래 업데이트했다.cluster mode에서 작업 분배 및 java memory 관리가 나아진 듯 싶음.문제가 되던 chunk가 에러없이 통과. 각 노드에 걸린 load도 이전보다 효율적이다.속도도 약간 더 향상된 것으로 보인다.
GPCR search 어쩌다보니... 한꺼번에 세가지 생물종에서 작업을 하게 되었다.전체 네가지인가... 다섯가지인가 그랬는데, 생각보단 어렵지 않았다.처음에 컨셉잡고, 거기에 맞춰서 툴을 정해서 빌드하고 컴파일하고해서 대충의 파이프라인을 만들었다.그후 각종 DB에서 이것저것 찾아서 끼워넣고 분류하고 검증하고 하다보니 마무리가 되었는데... 아무것도 작업이 안되어있는 새 생물로 하려다보니... 젠장... ㅋㅋㅋ내가 나도 모르는 사이에 사전데이터를 엄청 만들어놓고 작업을 했구나 싶다.이걸 느끼기 전엔 내가 이걸 이렇게 큰 어려움 없이 하고있는게 이상한건데... 싶었다.하지만 새로 하려니까 이게 큰 어려움이 없는게 아니네.그간 내가 해왔던 것들 전부를 모아놓고, 그 위에 올라서서 작업을 해서 쉬웠던거다. 아... 젠장... 소스..
알루 케이스 단점... 예뻐서 연구실 웍스테이션 한대를 알루 케이스 (UMX2)를 쓰고 있는데단점이 확연하다. 케이스를 열고 닫을 때 스크래치가 발생한다는 것.이건 뭐 어쩔 수 없는 듯.. 스크래치가 생길만한 곳에 뭔가 발라놓으면 방지는 할 수 있겠지만,멋은 떨어지겠지. 그러다보니 내 자비로 구입한 워크스테이션의 플라스틱 케이스 (커세어 air 540)이훨 낫다는 생각이 든다. 사이즈가 진짜 크지만... 그만의 멋이 있는 듯. 일하기 싫으니 별 뻘글을 다 쓰네... ㅋㅋ
2월 첫째주 토요일 근황 일하기 싫음. 젠장.왜 하기 싫냐고? 뭔가 살짝 목적을 잃으면서 루즈해진 느낌에...요즘 돼지처럼 살찌고 있음. -_-;;먹는게 좋아진다는 것은 결코 좋은 일이 아니다.거기에 안경이 문제가 있음. 초점이 안맞아서 집중도 안되고 눈도 아픔.완전 충혈됨. -_-;;; 그래서 일을 하기가 힘들다고 핑계를 댄다. shit....
오랫만에 Gentoo 설치... 많이 바뀌어도 너무 바뀌었네. -_-;;grub2는 또 뭔가... 하나도 모르겠어서 옛날의 old한 방법을 세팅완료.lvm, grub, gpt 다 패스.그냥 mbr에 lilo로. 이게 속편함. -_-;;;x-server에 이것저것 깔 필요없이 필요한 어플들만 깔면 되는건 좋네...