Quality trimming

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이번 시퀀싱은 QC 없이 온고로.. 계속 QC 해보는 중인데,

참 여러 프로그램들이 중구난방으로 개발되어 있다.

그 중에 제일 눈에 띄는 것은 Trimmomatic, cutadapt, skewer다. 물론 오픈소스 기준이고...

상용이야 clc suite가 제일 쓸만하다.


후... 이거참... 600만원 돈 안들이려면 그만큼 시간과 노력을 투자해야하나보다. 

진짜 맨땅에 헤딩하기임. ㅋㅋㅋ....


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적은 내부에 있나...

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내 전임자...라고하기엔 애매한데... 이전에 작업했던 사람의 결과물이 실수투성이. -_-;;

알고 한 것은 아닌 것 같아보이지만... 이걸 왜 이랬나 싶을 정도의 결과물이라...

결국 내가 완전 고생 중. 피아식별이 안되는 데이터 사이에서 쓸만한 것들만 뽑아서 정리하는게 참 힘들고

그것도 제한 시간이 있다보니... 더욱더 힘들다.

잘 시간이 모자랄 정도니.... 나한테 왜 이러는거야!!!

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Trinity v2.0.6 update

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이전 버전을 안써봤으니 뭐라 말은 못하겠다만...

12 core (hyper-threading core), 32G ram으로 하루가 안걸리네.

속도가 상당히 빨라진 모양.

다만... 180mb 기준으로 200G 이상 storage 공간이 필요하다. cluster 서버에서는 아무래도

테스트해보기가 힘들지 않을까 싶다. 

이참에 구성을 좀 바꿔봐야하나.. 싶기도;

한 1T나 500G ssd 여분이 하나 있으면 좋으련만...

내가 그때 왜 250G 짜리 2개를 샀는지 모르겠다. -ㅅ-;;;

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blast 효율성

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현재로선 gnu-parallel을 적용한 클러스터 서버가 제일 빠름.

무려 16 core의 메인 workstation보다 1.3배 정도 빠르고, 

왠만한 작은 생물체의 tsa blast는 하루 이틀만에 끝나는 수준.

욕심으로선.. 현재 가지고 있는 전체 리눅스 시스템으로 한번 클러스터링을 해보고 싶은데...

위험부담이 크다. 언젠가는 한번 해보지 않을까 싶음. ㅎㅎ...

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연구실 정전

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덕분에 클러스터 서버 노드들이 날아갔다. -_-;

그리고 nic bonding도 풀리고... 덕분에 삽질.

또.. 1달 넘게 진행하던 프로젝트도 날아감. -_-;;;;

이걸 더 진행할 생각이 없어짐. 지나치게 느리고....정말 말이 되는 것인지도 모르겠고.

일단 접어야겠음. 더 급하게 해야할 것들이나 해야지...


에혀 젠장!!!

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